De naam Roncalli is de familienaam van paus Johannes XXIII, die paus was van 1958 tot 1963. Hij was geen onderwijshervormer, maar toch is zijn naam aan de school verbonden.   Roncalli was een groot voorstander van samenwerking tussen christenen. Zijn optreden kenmerkte zich door eenvoud en menselijkheid. Hij inspireerde destijds de oprichters van de school om de naam Roncalli aan het onderwijs dat hun voor ogen stond, te verbinden.

De Roncalli Scholengemeenschap ontstond uit een afdeling MMS van het Mollerlyceum te Bergen op Zoom. In 1957 werd de school zelfstandig. In 1962 werd het klassikale systeem verlaten en het werken in eigen tempo ingevoerd. In 1968 werd de MMS een school voor havo. Door fusie met de protestants-christelijke Juliana Mavo kreeg het Roncalli College in 1971 een mavo-afdeling. De school werd tevens uitgebreid met een atheneumafdeling en ging verder als rooms-katholieke/protestants-christelijke samenwerkingsschool onder de naam: Roncalli Scholengemeenschap.

In de loop der jaren is de werkwijze steeds aan de eisen van de tijd aangepast.